Монофилия
Монофилия (от греч. «из одного племени») в филогенетике означает происхождение таксона или группы таксонов от одного общего предшественника; «монофилетической», таким образом, является группа, содержащая предшествующую форму и всех ее потомков. Оба эти требования являются классификационно принципиальными: группа родственных таксонов, не включающая их общего предшественника, в соответствии с правилами филогенетики должна быть определена как полифилетическая, а группа родственных таксонов, включающая общего предшественника, но не все таксоны, от него исходящие, определяется как парафилетическая.
Например, все существа из рода Homo считаются имеющими общую предшествующую форму из семейства Гоминиды, и до сих пор неизвестно никаких других потомков этого предшественника. Таким образом, род Homo является монофилетическим. В случае, если будет доказано, что Homo habilis развился из другой предшествующей формы, нежели Homo sapiens, и этот предшественник не входит в род Homo, род станет полифилетическим. Поскольку в современной систематике есть выраженная тенденция к созданию (или выделению) монофилетических систематических групп, в этом случае, скорее всего, род Homo будет разделен на два отдельных конвергентных рода, или расширен с включением в него дополнительных предшественников.
Рептилии и птицы (выделенная область на кладистической диаграмме) являются монофилетической группой
Некоторые эволюционные таксономисты предпочитают использовать термин «голофилетический» вместо «монофилетический» для обозначения описанного выше типа таксономических групп, а термином «монофилетический» пользуются в его более давнем смысле, когда им обозначали в целом голофилетические и парафилетические группы.
Некоторые (а порой значительные) трудности в работе таксономистов вызывает формирование монофилетических групп из видов растений, учитывая часто встречающуюся у растений полиплоидизацию. Дело в том, что было подлинно показано происхождение некоторых полиплоидных видов растений от гибридизации двух разных видов несколько раз подряд. К примеру, гибридный дикорастущий козлобородник (Tragopogon miscellus) на территории штата Вашингтон появлялся независимо не менее 20 раз в результате гибридизации двух других имеющихся там видов козлобородников. В случае буквального соблюдения требований филогенетической классификации все эти 20 популяций гибридного козлобородника должны быть определены как отдельные виды, противоречащие здравому смыслу: ведь все они генетически одинаковы (исключая уровень индивидуальных мутаций), имеют одинаковый фенотип, образ жизни и свободно скрещиваются.
